Скрытность — главный элемент геймплея. Беспорядочная стрельба может привлечь к Фишеру нежелательное внимание, что может усложнить прохождение уровня. В первых двух частях после трёх поднимаемых тревог игра заканчивалась. С третьей части с каждой поднимаемой тревогой увеличивается уровень осторожности врагов. Они надевают бронежилеты, усиливают патрули и даже устраивают засады.

Наилучший способ прохождения игры — быть незаметным для врагов, выбирать наименее опасные пути и использовать окружающую обстановку. Игра — комбинация проблем, требующих быстрого решения. В Pandora Tomorrow впервые в стелс-играх появился режим мультиплеерной игры два-на-два. В Chaos Theory появился ещё и кооперативный режим прохождения.

В Double Agent был введён ещё один показатель, за которым следует следить игроку — шкала отношения. В этой части Фишер становится двойным агентом и внедряется в террористическую группировку, где должен выполнять задания как террористов, так и Третьего эшелона. Шкала показывает насколько хорошо к действиям Фишера относятся террористы и АНБ, и если одна из шкал опуститься до нуля игра будет проиграна.